在夜晚的后半段，身体常规的生理机能并没有调整好。这意味着血压、心率和呼吸的波动比通常情况更极端。还有一个原因是身体平躺着，处于相对静止的状态，血液有些变浓，并伴随着一定程度的血液凝结。起床的动作也有可能导致问题，因为通常那时血压水平会发生大的振荡，加之还有突如其来干脆响亮的闹铃声，有时身体就应付不过来。
闹铃声也会增加你全面的压力水平。突然的噪声会引起身体保护性的条件反射——“战斗或逃跑”，提高肾上腺素水平。专门研究如何处理这种疾病的马克·阿特金森医生认为，虽然床头钟可能对你按时上班会有好处，但如果这种被激活的状态持续数天、数周、数月，就将导致慢性压力。压力会带来高血压、睡眠问题和精神压抑。如果你在深度睡眠时突然被唤醒，你思考问题的能力无疑将受到严重影响以至于就像喝醉了酒。
科学家们发现，当处于熟睡的人被唤醒时，会影响其短期的记忆能力、认知能力甚至是计算技能。这一发现已经被刊登在《美国医学会》杂志上。
参与被闹钟吵醒试验的人最好成绩仅是正常状态的65%，这相当于喝醉了酒——参与者的表现比他们被剥夺24小时的睡眠还要糟糕。虽然在醒后最初的十分钟内严重的影响会逐渐减轻，但一些损害在醒后的两小时还能被发现。研究人员表示，这一结果将会牵连到那些需要被唤醒后立即以最佳状态履行自己职责的工作人员，例如：消防队员、医生和其他处理突发事件的工人们。
人类似乎从来就不是在黑暗中，被大声的噪音突然惊醒的，而应该像我们的祖先那样，每天伴随着一轮红日冉冉升起，渐渐自然地醒来。专家建议，最好不使用闹钟，如果你非使用闹钟不可，睡觉时必须保持闹钟离你的头至少1米远，这样方可将闹铃噪音的不良影响降到最低点。
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