可以初步推断的是，环保酵素的消毒、抑菌作用与发酵产生的酒精有关，去污、净水作用与其中的部分酶和表面活性物质有关(就像加酶洗衣粉一样，酶催化相应污物分解)，美容、护肤、营养作用与其中含有的蛋白质、氨基酸、糖分、维生素等营养物质有关，这些用科学都是可以解释的。
环保酵素能促进伤口愈合及消解炎症，一方面与其抑菌作用有关，另一方面也可能与其中含有收敛作用的有机分子有关。从制作过程看，环保酵素属于厌氧发酵，所含菌类多为腐生性厌氧菌，对于人体无明显的致病作用。 另外，环保酵素等于是让人们自己处理部分有机垃圾，减少了公共垃圾回收、填埋、焚烧的能耗以及由此产生的污染，酵素余料又是很好的有机肥料，属于完全可再生资源，对于环境的贡献是功德无量的。唯一可能的负面影响就是厌氧发酵过程产生一定量沼气(甲烷)，属于温室气体，小范围应用对环境的影响不大。
但是，对于酵素作用机理的解释，不能脱离科学而主观臆断。有人说环保酵素能产生臭氧，这就明显不对了。臭氧在25℃时的标准摩尔生成吉布斯函数远大于零，这说明，常温常压下，又缺乏光照(环保酵素的制作应该尽量避光吧)的前提下，生成臭氧是几乎不可能的。臭氧需在高温、闪电或有强紫外线的条件下才能生成。从发酵过程本身看，厌氧环境下也很难生成臭氧这种强氧化性的物质。
有人或许会用合成氨来说事。虽然氨气在常温常压下很难通过常规化学手段合成，但氨气在25℃时的标准摩尔生成吉布斯函数是小于零的，也就是说理论上常温常压下能够合成氨。实际上根瘤菌通过体内的酶降低的该反应的活化能，使得常温常压下合成氨得以实现。一个理论上不能生成，一个理论上可以生成。只有热力学理论上可以生成的东西，才能研究通过具体手段(例如酶催化)去实现它。因此，说环保酵素能产生臭氧，或试图通过环保酵素制造臭氧，基本上是痴人说梦、不现实的。
至于说防重金属急性中毒，最多只能和蛋白质一样，起到缓解的作用。而且由于环保酵素中蛋白质、氨基酸含量低，效果肯定没有牛奶、鸡蛋清好。蛋白质也不可能一劳永逸地将重金属离子包裹起来千万年不分解。而且很多情况下重金属的有机配合物毒性比无机离子还要大。还有防辐射，任何溶液本身都能吸收一定的辐射(光就是一种辐射)，但不等于把它涂到身上或吃进肚子里就能使人免受辐射。你当酵素溶液能像太阳伞一样反光，或是特殊材料一样不能让x射线穿透啊。放一瓶环保酵素在电脑前面，和放一瓶橙汁、放一堆书在电脑前面对电脑辐射的阻挡是差不多的。
环保酵素确实应该支持，并且大力推广，衷心希望环保酵素的支持者们能具备一些基础的生化知识，提高科学素养，对于伪科学则要坚决抵制!科学范畴的东西，一定要用科学来解决!
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